在老鬼子多田骏布局“囚笼政策”时，国民政府也没有闲着，开始了他们反共、限共的积极部署。
在敌后抗日根据地方面，国民政府依托依托其国内统治地位，持续压制八路军部队的发展，频繁逼迫八路军将从鬼子手中夺回的政权交付给他们，并限制八路军部队的作战区域。
如山东地区，明明是国民政府自己放弃抵抗，将山东地区全扔给了鬼子，但是等八路军部队收复了部分地区政权后，却要求八路军部队撤出，并规定山东纵队在泰安、徂徕山以西，滕县以北，津浦路以东活动，限令鲁南、胶济路以北八路军各支队在几天之内开赴指定地点集结。
同时，山东地区国民政府的敌后抗日武装，提出了“宁伪化，不赤化”，“宁亡于日，不亡于共”，“日可以不抗，共不可不打”等反动口号，并组织“扫马大队”、“反列大队”，持续积极反共亲日。很多国民党士兵转身投靠鬼子，成为了专打八路军和霍霍老百姓的伪军部队（此后数年仍有不少伪军部队一边领取鬼子津贴，一边领取国民政府发放的军饷，然后抗战胜利后他们转身又反正变成了国民党部队）。
随后，就是各地国民政府部队制造蓄意事端。例如，袭击、残害党领导抗日军民的一系列反共摩擦事件。据统计，1939年6月到12月，国民党顽固派仅向山东纵队所属部队就进攻90多次，杀害抗日军民1350多人，扣押抗日干部、战士近1000人。
在敌后抗日根据地不断摩擦的同时，国民政府也加强了对边区的封锁。
天下第一军镇守天水，数十万人不去前线打仗，却开始封锁各个路口，限制粮食、棉花、铁、布匹、食盐等必需品贸易进入边区，扣押、处罚运货商民，从而实现“困共”、“穷共”的目的。
同时，天下第一军的军长还大肆扣押赶赴YA的进步青年，不肯为其效力的青年全部被列为“顽固分子”，并送去西北劳动营劳改。该劳动营最多时扣押和劳改了3000名进步青年……
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国民政府积极反共的时候，盘踞山西的晋绥军也没闲着。
他们困守晋西南地区，虽然有近10万部队（包括新军），却斗志不足战心不高，被鬼子第20师团2万多部队压制而动弹不得。
公平的讲，晋绥军在抗战初期打的很顽强，也取得不错的战果，值得可歌可泣。但在几个月时间损失了90%的兵力，仅剩几万人后，晋绥军基本被打掉了斗志，之后就不再跟鬼子打硬仗了，反倒是后续打友军（包括八路军和中央军）打的还有模有样。
虽然战心全无，但是不得不承认，晋绥军占据着晋东南地区，控制着大量从山西通往边区的要道枢纽，前期八路军很多人员和物资都是通过这些要道流转。现在，晋绥军在上层授意下，持续采取要道封锁策略，对于八路军的战备物资实行零通关政策，强行扣押过路的物资，实实在在给现在缺粮、缺物的八路军边区出了一个大大的难题。
也幸好晋绥军对中央军同样十分警惕，在后续与八路军总部的谈判下，对部分通道和部分紧迫物资又予以了放行（同时新军很多都是倾向我党的，在封锁上故意留下缺口），这使得八路军部队与边区仍然保持着部分物资交流通道。
为了避免更加恶劣的情况发生，八路军各部队、各根据地不得不冒着巨大的牺牲，搭建了数条通过日占区的地下交通线，以各种地下渠道，实现各根据地与边区、YA的人员流动和物资流动，也演绎了很多可歌可泣的故事。