只是令他没想到的一点，在发生这些事件之后，他作为在战争时期军队后勤工作的权威，分量变得比以前更重了。但他每天要处理的问题成堆，必须在短时间内弥补苏军在德军入侵初期所带来的损失，必须紧急储备必要的物资，以应未来作战之需，必须建立高效能的供应运输体系，最后，还必须建立一个独立的后勤指挥机构，以便集中力量，共同做好工作。
战前，军队的供给系统由总参谋部和各合成军队司令部管辖，为此设置了第五部和第五处。战争爆发后说明，合成军队司令部在复杂条件下指挥作战，拿不出更多的精力去领导极其繁重的军事
经济工作。
战争爆发后，赫鲁廖夫被任命为主管后勤工作的副国防人民委员，他不仅要立即改组后勤指挥系统，而且还要改组红军整个的供给系统，以及后勤兵团、部队和机关。
他上任后的第一件事，就是召集总供给部系统的干部会议。必须经过讨论采取措施，以使作战部队不致因物资匿乏而陷入困境。与会者都是富有经验的人，他们废寝忘食地连续干了几昼夜，终于完成了苏军的新型后勤保障原则。
在今天的会议上，赫鲁廖夫侃侃而谈，向最高统帅部的成员说明总参谋部和方面军司令部免去领导供给和后勤工作的重担有利无弊，这样可以避免供应工作的干扰以便作战指挥。
斯大林在聆听赫鲁廖夫的讲述时，意外地发现朱可夫紧皱眉头，似乎对赫鲁廖夫的说法并不认同。他将叼在嘴里的烟斗拿出来，攥在手里后问朱可夫：“朱可夫同志，你对赫鲁廖夫的的说法，有什么意见吗？”
“斯大林同志，我不赞成赫鲁廖夫将军的说法。”朱可夫表情凝重地说：“如果按照他的说法来执行，势必会彻底打破军队传统的供给方式，势必要改组总参各部门，以及方面军和集团军司令部的工作，还要重新配备干部。当前，正当敌人的强大兵力深入国土之际，这不是一种轻而易举的事情……”
朱可夫毫无顾忌地说完了自己心中的想法后
，就目不转睛地盯着斯大林，按照他的想法，也许下一刻，斯大林就要大发雷霆，因为斯大林以最高统帅的名义，批准实行赫鲁廖夫提出的新方案：“赫鲁廖夫同志显然是要把我们总参谋部踩在脚下……这样就全盘打乱了我们部署好的工作……”
但斯大林却并没有说话，而是从放在桌上的烟盒里抽出一支烟，用手指捏碎后，将烟丝填进了烟斗里。为了打破这令人尴尬的静默，莫洛托夫打破了僵局，他一如往常地拿出手帕擦他的夹鼻眼镜，嘴里说道：“我觉得赫鲁廖夫的提议时非常正确的，朱可夫同志！”
斯大林把烟丝填满了烟斗后，并没有重新叼在嘴里，而是放在桌上，望着朱可夫，有些不悦地说道：“朱可夫同志，您的这番议论，一点都象总参谋长，倒象个头脑简单的骑兵！您在这些事情上所知甚少！”
面对斯大林的批评，朱可夫面色阴沉地说“如果您真的这样认为，斯大林同志，我可以马上就辞去总参谋长的职务。”
斯大林的脸微现苍白，他以责怪的表情看着朱可夫，然后以劝导的口气，说：“朱可夫同志，我们想从您嘴里听到的，不是最后通牒，而是您对前线战局和我们慎重做出的决定，给予正确的评价……其中包括关于军队后勤工作的决定……”
会议最后以朱可夫的妥协，顺利地通过了赫鲁廖夫提出的方案。